يعد مجلس كلية العلوم الاسلامية السلطة الاعلى في الكلية ، وتتحدد مهامها الاشراف العام على الكلية وعقد الاجتماعات الدورية او الجلسات الاستثنائية لبحث المستجدات المهمة وهي كالاتي :
-التوصية بإقرار الخطط التي يقترحها العميد او اللجان التي تشكل لتنظيم شؤون الكلية وتعيين السبل التي تنهض بالكلية وتطورها
- اقتراح فتح الدراسات العليا واقسام علمية جديدة على ضوء الحاجة وتوفر المستلزمات
- اضافة المواد الدراسية التي تتفق مع سوق العمل وحاجة المجتمع وحذف مايلبي تلك الحاجة
- تحديد شروط القبول في الدراسات الاولية والعليا وتحديد عدد الطلاب المتقدمين للدراستين
- تحديد موعد بداية العام الدراسي وانتهائه وتعيين الفصول الدراسية ومواعيدها
- الاشراف المباشر على الامتحانات من خلال تحديد اوقاتها وكيفة ادائها بما يضمن نجاحها .